Dennoch gibt es auch Schattenseiten bei Autobörsen, die sowohl für Verkäufer als auch für Käufer Nachteile mit sich bringen können. Verkäufer haben oft Schwierigkeiten, sich von den vielen Angeboten abzuheben und werden regelmäßig mit unseriösen Kaufinteressenten und deren dreisten Angeboten konfrontiert. Bei den Käufern besteht zudem die Gefahr, auf unseriöse Anbieter und Betrüger zu stoßen, wenn sie in der Masse an Angeboten nach ihrem Traumauto suchen. Zusätzlich ist der Kauf eines Autos ohne persönliche Vor-Ort-Besichtigung immer mit einem gewissen Risiko verbunden.